Zaloguj się lub zarejestruj.

Zaloguj się podając nazwę użytkownika, hasło i długość sesji
Szukanie zaawansowane  

Aktualności:

SMF - Just Installed!

Strony: 1 [2] 3 4 ... 219

Autor Wątek: Genetyka w sporze auto/allo  (Przeczytany 246167 razy)

S_u_P_K

  • Gość
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #15 dnia: Wrzesień 11, 2020, 08:35:50 pm »

W folderze genetycznym znalazłem grafikę z artykułu, którego w sierpniu szukaliśmy bezskutecznie z Kamykiem. Załączam ją, korzystając z istniejącej możliwości.

Opis (nie zmieniałem go) wskazuje, że ilustracja jest z Nature Scientific Reports. Jeśli cyfry to nr(y) tomu, mamy znalezione.

Warto zwrócić uwagę, jak bardzo efektywna wielkość wyliczona dla populacji polskiej z jakiegoś momentu przeszłego różni się od innych słowiańskich.
Zapisane

ambroziak

  • Global Moderator
  • Hero Member
  • *****
  • Wiadomości: 28592
    • Zobacz profil
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #16 dnia: Wrzesień 12, 2020, 06:33:29 am »

Dawid kiedyś mówił coś takiego, że północnoeuropejskie PCA zaprojektował specjalnie dla dryfu bałtosłowiańskiego, jeżeli więc jakaś próbka mieści się w klastrze słowiańskim lub w jego bliskiej okolicy, to nie jest to przypadek, tylko świadectwo bliskiego pokrewieństwa ze Słowianami. Nadal nie ma więc wątpliwości, że część wojów z Dołęży była bliskimi krewnymi dzisiejszych Słowian Zachodnich.

Jeżeli natomiast chodzi o WEZ56, to podejrzewam, że taki genom mógł być w epoce brązu dosyć szeroko rozpowszechniony w Europie Środkowej. Przypomnij sobie Czeszkę z Brandyska RISE568, która wyglądała autosomalnie jak WEZ56, a molekularnie wydatowana została na epokę brązu.
Zapisane

ambroziak

  • Global Moderator
  • Hero Member
  • *****
  • Wiadomości: 28592
    • Zobacz profil
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #17 dnia: Wrzesień 12, 2020, 06:42:15 am »

Szkoda, że nie wiemy, jakich czasów dotyczy ta grafika. Sadząc jednak po liczebności populacji - raczej bardzo dawnych. Na oko wygląda mi to na 2 tys. lat p.n.e.
Zapisane

S_u_P_K

  • Gość
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #18 dnia: Wrzesień 12, 2020, 09:04:39 am »

To jest ten artykuł:

https://www.nature.com/articles/srep41614

Natomiast nie wiem, czy Ne nie jest jednak obliczone dla czasów bardzo nam bliskich.
Zapisane

ambroziak

  • Global Moderator
  • Hero Member
  • *****
  • Wiadomości: 28592
    • Zobacz profil
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #19 dnia: Wrzesień 12, 2020, 12:12:44 pm »

A, tu nie chodzi o wielkość populacji, tylko o wielkość efektywną. W pierwszej chwili nie załapałem. Dzięki za artykuł! Przeczytałem.

Jeżeli więc efektywna wielkość populacji polskiej jest o wiele większa niż rosyjskiej, to też musi być pośród polaków znacznie większa różnorodność genetyczna niż pośród Rosjan. To zresztą widać też dobrze w analizach głównych składowych. Tak więc Polacy nie mogą być małą, homogeniczną populacja z kresów rosyjskich, która rozrosła się błyskawicznie na polskiej pustce osadniczej.   
Zapisane

S_u_P_K

  • Gość
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #20 dnia: Wrzesień 12, 2020, 12:15:03 pm »

Godna uwagi jest także ilustracja nr 6 (s. 7 pliku).

Część A pokazuje dystanse między populacjami. Słowiańskie są cztery - polska, rosyjska, chorwacka i bułgarska.
Polska ma najmniejszy do chorwackiej, największy do bułgarskiej.
Rosyjska ma najmniejszy do polskiej, największy do bułgarskiej.
Chorwacka ma najmniejszy do polskiej, największy do rosyjskiej.
Bułgarska ma najmniejszy do chorwackiej i/lub polskiej (nie jestem pewien różnicy), największy do rosyjskiej.

Część B pokazuje odchylenia od modelu, w którym dystanse są funkcją odległości geograficznej. Najmniejsze odchylenie (w skali wszystkich obecnych w badaniu) wykazuje populacja polska.
« Ostatnia zmiana: Wrzesień 12, 2020, 04:14:55 pm wysłana przez S_u_P_K »
Zapisane

S_u_P_K

  • Gość
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #21 dnia: Wrzesień 12, 2020, 01:21:40 pm »

Wartości Ne zostały wyliczone z nierównowag sprzężeń i odnoszą się mniej więcej do czasów współczesnych. Wynika to z porównania z tabelą S9 w pliku Supplementary Information (s. 26).
Zapisane

ambroziak

  • Global Moderator
  • Hero Member
  • *****
  • Wiadomości: 28592
    • Zobacz profil
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #22 dnia: Wrzesień 13, 2020, 08:07:55 am »

Skromny, jeżeli chodzi o tę grafikę i ogólnie pokrewieństwo analizowanych populacji na podstawie współdzielenia identycznych segmentów DNA, Polacy zgrupowali się autorom z Brytyjczykami, Norwegami i Orkadyjczykami. Natomiast Rosjanie - z Włochami. Nie bardzo wiem, jak to interpretować, bo nie wczytałem się jeszcze w metodykę i nie wiem, czy są tam podane długości segmentów, na podstawie których można by wyznaczyć czas życia wspólnych przodków.

Ciekawy jest też rysunek 7C, czyli drzewko z analizy zdarzeń domieszek. Wynika z niego, że Polacy nie mają ani żadnej domieszki od Słowian Wschodnich, ani od południowych. Chorwaci powstają na skutek 50-procentowej domieszki albańskiej do genomu wspólnego z Rosjanami, a Bułgarzy - 50-procentowej domieszki rosyjskiej go genomu greckiego. Natomiast ancestralna populacja polska wnosi 50-procentową domieszkę do genomu północno-wschodnich Włochów.

Zdaje się, iż należy to interpretować to w ten sposób, że ludność polska chyba faktycznie nie brała udziału w migracjach słowiańskich, niemniej była główną masą demograficzną wcześniejszych migracji wenetyjskich i germańskich.   
Zapisane

S_u_P_K

  • Gość
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #23 dnia: Wrzesień 13, 2020, 09:52:27 am »

Strzałka idzie od początkowej części gałązki rosyjskiej do bułgarskiej i greckiej, co oznacza, że obie otrzymały podobną domieszkę.

Do gałązki chorwackiej strzałka od rosyjskiej nie idzie, tylko ją przecina. Do chorwackiej idzie strzałka od albańskiej.
Zapisane

ambroziak

  • Global Moderator
  • Hero Member
  • *****
  • Wiadomości: 28592
    • Zobacz profil
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #24 dnia: Wrzesień 13, 2020, 03:41:10 pm »

Skromny, w jednym i drugim przypadku użyłem skrótów myślowych.

Oczywiście taką samą domieszkę otrzymują od Rosjan Bułgarzy i Grecy, tyle że Grecy są uznawani powszechnie za starożytną populację autochtoniczną, a Bułgarzy za napływowych Słowian. Ponieważ wg tej analizy domieszek Rosjanie i Chorwaci pochodzą z tej samej populacji, która się niedawno rozdzieliła, a domieszkę albańską dostają tylko Chorwaci, dlatego napisałem, że Chorwaci powstają na skutek 50-procentowej domieszki albańskiej do genomu wspólnego z Rosjanami.

A co sądzisz o mojej interpretacji tych wyników...?
Zapisane

S_u_P_K

  • Gość
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #25 dnia: Wrzesień 14, 2020, 05:07:57 pm »

Jest jednak mało sensowne, że tylko Bułgarzy mieliby mieć domieszkę od Słowian północnych, a Chorwaci już nie (mając zarazem większe do nich podobieństwo). Trzeba się w to wczytać (także w materiały dodatkowe), sprawdzić, czy nie ma informacji dotyczących chronologii tych domieszek.

Nie jestem pewien, czy skala pozwala wnioskować o 50%; gdyby tak było (pół na pół), dyskusyjne stałoby się wyodrębnienie populacji bazowej i domieszki.

W każdym razie wnioski tego artykułu znacznie się różnią od Ralpha i Hellenthala, choć autorzy chyba oba znali, a tego drugiego nawet cytują. Przed badaniami IBD widzę dużą przyszłość, ale dopiero wtedy, gdy łatwo dostępne staną się kompletne genomy, i podejmowanie porównań nie będzie się wiązało z koniecznością uzyskania własnych, kosztochłonnych danych.
Zapisane

ambroziak

  • Global Moderator
  • Hero Member
  • *****
  • Wiadomości: 28592
    • Zobacz profil
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #26 dnia: Wrzesień 14, 2020, 06:50:05 pm »

Zwróć uwagę, że we wszystkich analizach domieszek każde źródło genów nazywane jest domieszką. Tak więc chyba i tutaj czarną gałąź drzewka filogenetycznego należy traktować jako jedno ze źródeł domieszki, tyle że niejako źródło bazowe czy podstawowe. Na tej zasadzie głównym źródłem domieszkowania Chorwatów byliby właśnie Słowianie Północni, z którymi Chorwaci lezą na jednej gałęzi. Czy mają 50% domieszki albańskiej? Zamieszona obok skala temperatury od 0 do 0.5 każe logicznie wnioskować, że raczej tak.

Moją uwagę przykuło tu jednak co innego... kierunek domieszki albańskiej. Zwróciłem już na to uwagę przy pracy Busby'ego, tyle że nie podzieliłem się swoimi spostrzeżeniami. Otóż kierunek wektora jest zawsze równoprawny. Przecież w rzeczywistości, historycznie i geograficznie, to Albańczycy otrzymali domieszkę chorwacką, a nie Chorwaci albańską. To dobrze obrazuje paradoks z pracy Busby'go, gdzie wektor domieszki bałtyjskiej wskazuje kierunek od Suwalszczyzny do Polski. Natomiast geograficznie i historycznie było w rzeczywistości odwrotnie, co również widać w wynikach innych badań genetycznych, czyli że geny płynęły do Pribałtyki z Polski.   
Zapisane

ambroziak

  • Global Moderator
  • Hero Member
  • *****
  • Wiadomości: 28592
    • Zobacz profil
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #27 dnia: Wrzesień 14, 2020, 06:51:49 pm »

Skromny, a widziałeś na Eurogenes odpowiedź Kristiansena na moje zagajenie o mapkę ze Szpigla...?
Zapisane

S_u_P_K

  • Gość
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #28 dnia: Wrzesień 15, 2020, 03:07:20 pm »

Zwątpiłem, kiedy przeczytałem od Kristiansena, że Bałtowie byli w kulturze andronowskiej. Mimo że archeolog, wie o archeologii i archeogenetyce wschodniej Europy chyba mniej niż my amatorzy, ale entuzjaści.

W drugiej sprawie - gdyby Bułgarzy mieli 50% od przodków Rosjan itd., czy podobieństwo ogólne mogłoby wahać się między 0.29 i 0.28 (skala przy "heat map")?
« Ostatnia zmiana: Wrzesień 16, 2020, 10:34:24 am wysłana przez S_u_P_K »
Zapisane

ambroziak

  • Global Moderator
  • Hero Member
  • *****
  • Wiadomości: 28592
    • Zobacz profil
Odp: Genetyka w sporze auto/allo
« Odpowiedź #29 dnia: Wrzesień 15, 2020, 05:51:57 pm »

Skromny, mi dała do myślenia ta kwestia Kristiansena o sytuacji na północ od Karpat. Mówił to, jak sugerował, na podstawie niepublikowanych jeszcze danych. Dlatego się zastanawiam, czy to czasami nie Kristian jest źródłem Kamyka? Jak widać, facet jest kontaktowy.

Proporcje domieszek najłatwiej wykreślić na PCA. I faktycznie, gdy popatrzymy na PCA Lazaridisa, to Bułgarzy i Grecy leżą miej więcej w połowie drogi pomiędzy Słowianami północnymi a Cypryjczykami, czyli że muszą mieć ok 50% domieszki północnosłowiańskiej. Chorwaci leżą natomiast w połowie drogi pomiędzy Słowianami północnymi a Albańczykami, czyli też muszą mieć ok 50% domieszki albańskiej.

Tyle tylko, że na źródło domieszki jednych i drugich pasują najlepiej Polacy. Gdy bowiem przeprowadzimy linię prostą od Polków do Cypryjczyków, na linii znajdą się wszystkie te nacje: Chorwaci, Bułgarzy i Albańczycy. Gdy poprowadzimy od Rosjan, znajdą się one pod kreską. 
Zapisane
Strony: 1 [2] 3 4 ... 219